A Baía de San Diego funciona como um porto de águas profundas desde 1542, quando Juan Rodríguez Cabrillo ancorou ao largo de Point Loma e reivindicou o porto natural para a Espanha. A linha costeira em ferradura de 12 milhas da baía abriga 34 milhas quadradas de águas navegáveis, protegidas das ondulações do Pacífico pela península de Coronado. A Estação Naval de San Diego, a maior base de navios de superfície da Costa Oeste, ocupa a frente ribeirinha oriental ao lado de canais comerciais de navegação e marinas recreativas. O Museu Marítimo de San Diego mantém o veleiro ativo mais antigo do mundo, o barco de ferro de 1863 Star of India, no final da North Harbor Drive. Um cruzeiro à vela em San Diego atravessa a infraestrutura de trabalho — porta-aviões atracados no Pier 2, guindastes de contentores no Terminal Marítimo da Décima Avenida, o arco prateado da Ponte Coronado a estender-se a 200 pés acima do canal de navegação. O fundo da baía desce até 60 pés na bacia central, profundidade suficiente para embarcações movidas a energia nuclear e superpetroleiros. Cercados de submarinos alinham-se ao longo da Silver Strand. Focas portuárias descansam em boias perto do Embarcadero. Pelicanos-pardos pescam na linha da maré onde a foz da baía se abre para o Pacífico entre Point Loma e a pista da Estação Aérea Naval de North Island. Os passeios de cruzeiro à vela em San Diego partem da orla do Embarcadero, onde a frota do Museu Marítimo inclui o ferry a vapor de 1898 Berkeley e o iate a vapor de 1904 Medea. Cruzeiros históricos pela baía a bordo de réplicas de embarcações passam pelo USS Midway Museum, um porta-aviões desativado convertido num salão de exposições flutuante em 2004. Cruzeiros de observação de baleias aventuram-se para além da foz da baía em águas offshore, onde as baleias-cinzentas migram para o sul de dezembro a abril, viajando 12.000 milhas entre as áreas de alimentação no Ártico e as lagoas de reprodução na Baja California. Baleias-azuis, os maiores animais que já existiram, surgem ao largo de Point Loma de junho a setembro, alimentando-se de afloramentos de krill ao longo da plataforma continental. A geografia da baía cria microclimas. Bancos de nevoeiro matinal percorrem o canal até que o sol do meio-dia os dissipe. As brisas marinhas da tarde enchem as velas com ventos de oeste de 10 nós. Cruzeiros ao pôr do sol seguem a luz à medida que ela desce por trás das falésias de 400 pés de Point Loma, iluminando o Monumento Nacional Cabrillo e o Farol Old Point Loma de 1855.