Die San Diego Bay fungiert seit 1542 als Tiefseehafen, als Juan Rodríguez Cabrillo vor Point Loma ankerte und den natürlichen Hafen für Spanien beanspruchte. Die 12 Meilen lange hufeisenförmige Küste der Bucht schützt 34 Quadratmeilen befahrbares Wasser, das durch die Coronado-Halbinsel vor den Brandungen des Pazifiks geschützt ist. Die Naval Station San Diego, der größte Stützpunkt für Überwasserschiffe an der Westküste, nimmt das östliche Ufer neben kommerziellen Schifffahrtswegen und Freizeithäfen ein. Das Maritime Museum of San Diego unterhält am Fuße des North Harbor Drive das weltweit älteste aktive Segelschiff, die eiserne Bark Star of India aus dem Jahr 1863. Eine San Diego Segelkreuzfahrt bewegt sich durch die operative Infrastruktur — Flugzeugträger an Pier 2, Containerkräne am Tenth Avenue Marine Terminal, der silberne Bogen der Coronado Bridge, die sich 200 Fuß über der Fahrrinne spannt. Der Grund der Bucht fällt im zentralen Becken auf 60 Fuß ab, tief genug für nuklear betriebene Schiffe und Supertanker. U-Boot-Stellplätze säumen den Silver Strand. Seehunde sonnen sich auf Bojen in der Nähe des Embarcadero. Braune Pelikane fischen an der Gezeitenlinie, wo sich die Buchtmündung zwischen Point Loma und der Start- und Landebahn der North Island Naval Air Station zum Pazifik öffnet. San Diego Segelkreuzfahrten starten vom Embarcadero-Ufer, wo die Flotte des Maritime Museum die Dampffähre Berkeley von 1898 und die Dampfyacht Medea von 1904 umfasst. Historische Hafenrundfahrten an Bord von Replikaschiffen führen am USS Midway Museum vorbei, einem außer Dienst gestellten Flugzeugträger, der 2004 in eine schwimmende Ausstellungshalle umgewandelt wurde. Walbeobachtungsfahrten führen über die Buchtmündung hinaus in die Gewässer vor der Küste, wo Grauwale von Dezember bis April nach Süden ziehen und 12.000 Meilen zwischen den arktischen Futterplätzen und den Brutlagunen von Baja California zurücklegen. Blauwale, die größten Tiere, die jemals existiert haben, tauchen von Juni bis September vor Point Loma auf und ernähren sich von Krill-Ansammlungen entlang des Festlandsockels. Die Geografie der Bucht schafft Mikroklimata. Morgendliche Nebelbänke ziehen durch den Kanal, bis die Mittagssonne sie auflöst. Nachmittags füllen Meeresbrisen die Segel mit 10 Knoten Westwind. Sonnenuntergangsfahrten verfolgen das Licht, während es hinter die 400 Fuß hohen Klippen von Point Loma fällt und das Cabrillo National Monument sowie den Old Point Loma Lighthouse von 1855 beleuchtet.