La baia di San Diego funge da porto di acque profonde dal 1542, quando Juan Rodríguez Cabrillo ancorò al largo di Point Loma e rivendicò il porto naturale per la Spagna. La costa a ferro di cavallo di 12 miglia della baia protegge 34 miglia quadrate di acque navigabili, riparate dalle onde del Pacifico dalla penisola di Coronado. La Naval Station San Diego, la più grande base per navi di superficie della West Coast, occupa il lungomare orientale accanto alle rotte commerciali e ai porti turistici ricreativi. Il Maritime Museum of San Diego conserva la nave a vela attiva più antica del mondo, il brigantino a palo in ferro del 1863 Star of India, ai piedi di North Harbor Drive. Una crociera a vela a San Diego si muove attraverso infrastrutture operative: portaerei ormeggiate al Molo 2, gru per container al Tenth Avenue Marine Terminal, l'arco d'argento del Coronado Bridge che attraversa 200 piedi sopra il canale di navigazione. Il fondale della baia scende a 60 piedi nel bacino centrale, abbastanza profondo per navi a propulsione nucleare e superpetroliere. Recinti per sottomarini costeggiano il Silver Strand. Le foche del porto si riposano sulle boe vicino all'Embarcadero. I pellicani bruni pescano lungo la linea di marea dove l'imboccatura della baia si apre sul Pacifico tra Point Loma e la pista della North Island Naval Air Station. I tour della crociera a vela a San Diego partono dal lungomare dell'Embarcadero, dove la flotta del Maritime Museum include il traghetto a vapore del 1898 Berkeley e lo yacht a vapore del 1904 Medea. Le crociere storiche nella baia a bordo di repliche passano davanti allo USS Midway Museum, una portaerei dismessa convertita in sala espositiva galleggiante nel 2004. Le crociere di avvistamento balene si spingono oltre l'imboccatura della baia nelle acque al largo dove le balene grigie migrano verso sud da dicembre ad aprile, viaggiando per 12.000 miglia tra i terreni di alimentazione artici e le lagune riproduttive della Baja California. Le balene azzurre, i più grandi animali mai esistiti, emergono al largo di Point Loma da giugno a settembre, nutrendosi di krill lungo la piattaforma continentale. La geografia della baia crea microclimi. Banchi di nebbia mattutina attraversano il canale fino a quando il sole di mezzogiorno non li dissipa. Nel pomeriggio, le brezze marine gonfiano le vele con venti da ovest di 10 nodi. Le crociere al tramonto seguono la luce mentre cala dietro le scogliere di 400 piedi di Point Loma, illuminando il Cabrillo National Monument e il faro Old Point Loma del 1855.