Die Bucht von San Diego umfasst etwa 57 Quadratkilometer geschütztes Pazifikgewässer, ein natürlicher Tiefwasserhafen, der die Identität der Stadt prägt, seit Juan Rodríguez Cabrillo 1542 vor Point Loma ankerte. Bis 1919 hatte die U.S. Navy ihr Hauptquartier der Pazifikflotte am östlichen Ufer errichtet. Heute umfasst dieser Standort 57.000 aktive Militärangehörige und prägt mit den grauen Flugzeugträgern und Zerstörern an der Naval Base San Diego, dem größten Stützpunkt für Überwasserschiffe an der Westküste, die Skyline des Hafens. Eine San Diego Yacht-Tour führt entlang dieses geschäftigen Ufers vom Embarcadero nordwärts bis nach Harbor Island und schlängelt sich dabei zwischen den kommerziellen Schifffahrtsrouten und Freizeithäfen hindurch. Die beständige Wassertemperatur von ca. 21 Grad Celsius das ganze Jahr über und die geringen Gezeitenschwankungen—selten über 1,2 Meter—schaffen ideale Bedingungen sowohl für Bootsneulinge als auch für erfahrene Kapitäne. Die Coronado Bridge spannt sich 60 Meter über den Navigationskanal und verbindet auf einer Länge von 3,4 Kilometern die Innenstadt mit der Halbinsel, auf der das Hotel del Coronado seit 1888 direkt am Strand thront. Die kommentierten Hafenrundfahrten starten am Broadway Pier an der Adresse 970 North Harbor Drive, genau dort, wo die Star of India—ein eiserner Barkentiner aus dem Jahr 1863 und das älteste noch seetüchtige Segelschiff der Welt—als Teil des Maritime Museum of San Diego vor Anker liegt. Der Kommentar an Bord weist auf den Flugzeugträger USS Midway hin, der 1992 außer Dienst gestellt wurde und heute als schwimmendes Museum auf über 16.000 Quadratmetern Flugdeck 60 Ausstellungen beherbergt. Die North Island Naval Air Station besetzt die Nordspitze der Coronado-Halbinsel, wo Piloten seit 1917 trainiert werden und das markante Dröhnen der F/A-18 Super Hornets die Abfahrten am Nachmittag untermalt. Segelcharter navigieren am Silver Strand entlang, einer elf Kilometer langen Sandbank, die die Bucht vom Pazifik trennt, während Abendtouren bei Sonnenuntergang so getaktet sind, dass sie das Alpenglühen an den Laguna Mountains 50 Kilometer östlich einfangen. Die Bucht beheimatet 500 Fisch- und Wirbellosenarten, darunter Leopardenhaie, die jeden Sommer in flachen Seegraswiesen schwimmen, und Kalifornische Seelöwen, die sich auf den Navigationsbojen nahe dem Zuniga Jetty sonnen.