La bahía de San Diego abarca 22 millas cuadradas de aguas protegidas del Pacífico, un puerto natural de aguas profundas que ha anclado la identidad de la ciudad desde que Juan Rodríguez Cabrillo lanzó el ancla frente a Point Loma en 1542. Para 1919, la Marina de los EE. UU. había establecido su sede de la Flota del Pacífico a lo largo de la costa este, una presencia que ahora abarca 57,000 efectivos en servicio activo y define el horizonte del puerto con portaaviones y destructores de casco gris atracados en la Base Naval de San Diego, la base de buques de superficie más grande de la Costa Oeste. Un tour en yate por San Diego recorre este paseo marítimo comercial desde el Embarcadero hacia el norte hasta Harbor Island, cruzando entre canales de navegación comercial y puertos deportivos recreativos. La temperatura constante del agua de 70 grados durante todo el año en la bahía y la mínima variación de la marea, que rara vez supera los cuatro pies, crean condiciones ideales tanto para navegantes novatos como para capitanes experimentados. El puente Coronado se arquea a 200 pies sobre el canal de navegación, su tramo de 2.1 millas conecta el centro de la ciudad con la península donde el Hotel del Coronado ha ocupado la playa desde 1888. Los cruceros narrados por el puerto salen desde el Broadway Pier en 970 North Harbor Drive, el mismo muelle donde el Star of India, un barco de casco de hierro de 1863 y el velero activo más antiguo del mundo, permanece amarrado como parte del Museo Marítimo de San Diego. Los comentarios a bordo identifican el portaaviones USS Midway, dado de baja en 1992 y ahora un museo flotante con 60 exhibiciones en cuatro acres de cubierta de vuelo. La Estación Aérea Naval de North Island ocupa la punta norte de la península de Coronado, donde los aviadores se han entrenado desde 1917 y donde el rugido distintivo de los F/A-18 Super Hornets puntúa las salidas de la tarde. Los chárteres de vela navegan por Silver Strand, una lengua de arena de siete millas que separa la bahía del Pacífico, mientras que las salidas al atardecer cronometran su regreso para captar el resplandor alpino en las montañas Laguna, 50 millas al este. La bahía alberga 500 especies de peces e invertebrados, incluidos tiburones leopardo que forman bancos en lechos de pastos marinos poco profundos cada verano y leones marinos de California que descansan en las boyas de navegación cerca del Zuniga Jetty.