La baia di San Diego comprende 22 miglia quadrate di acque riparate del Pacifico, un porto naturale in acque profonde che ha ancorato l'identità della città da quando Juan Rodríguez Cabrillo gettò l'ancora al largo di Point Loma nel 1542. Nel 1919, la Marina degli Stati Uniti aveva stabilito il suo quartier generale della flotta del Pacifico lungo la costa orientale, una presenza che ora conta 57.000 effettivi in servizio attivo e definisce lo skyline del porto con portaerei e cacciatorpediniere dallo scafo grigio ormeggiati presso la Naval Base San Diego, la più grande base di navi di superficie sulla West Coast. Un tour in yacht a San Diego ripercorre questo lungomare operativo dall'Embarcadero a nord fino a Harbor Island, snodandosi tra le rotte di navigazione commerciale e i porti turistici ricreativi. La temperatura dell'acqua della baia, costante a 21 gradi tutto l'anno, e la variazione minima delle maree (che raramente superano i 1,2 metri) creano condizioni ideali sia per i velisti principianti che per i capitani esperti. Il Coronado Bridge si inarca per 60 metri sopra il canale di navigazione, con la sua estensione di 3,4 chilometri che collega il centro città alla penisola dove l'Hotel del Coronado occupa la spiaggia dal 1888. Le crociere narrate del porto partono dal Broadway Pier al 970 North Harbor Drive, lo stesso molo dove la Star of India (un veliero a scafo in ferro del 1863 e la nave a vela attiva più antica del mondo) rimane ormeggiata come parte del Maritime Museum of San Diego. Il commento a bordo identifica la portaerei USS Midway, dismessa nel 1992 e ora un museo galleggiante con 60 mostre su oltre 1,6 ettari di ponte di volo. La North Island Naval Air Station occupa la punta settentrionale della penisola di Coronado, dove gli avieri si addestrano dal 1917 e dove il ruggito caratteristico degli F/A-18 Super Hornet punteggia le partenze pomeridiane. I noleggi a vela navigano lungo il Silver Strand, una striscia di sabbia di 11 chilometri che separa la baia dal Pacifico, mentre le partenze al tramonto sincronizzano il ritorno per cogliere la luce dell'alpenglow sulle Laguna Mountains, 50 miglia a est. La baia sostiene 500 specie di pesci e invertebrati, inclusi gli squali leopardo che bazzicano nei letti di zostera marina poco profondi ogni estate e i leoni marini della California che si riposano sulle boe di navigazione vicino al Zuniga Jetty.