La baie de San Diego englobe 34 kilomètres carrés d'eaux abritées du Pacifique, un port naturel en eau profonde qui ancre l'identité de la ville depuis que Juan Rodríguez Cabrillo a jeté l'ancre au large de Point Loma en 1542. En 1919, l'US Navy a établi son quartier général de la flotte du Pacifique le long de la rive est, une présence qui compte aujourd'hui 57 000 militaires en service actif et définit l'horizon du port avec des porte-avions et des destroyers à coque grise amarrés à la base navale de San Diego, la plus grande base de navires de surface de la côte ouest. Un tour en yacht à San Diego suit ce front de mer actif de l'Embarcadero jusqu'à Harbor Island, se faufilant entre les voies de navigation commerciale et les marinas de plaisance. La température constante de l'eau de 21 degrés Celsius toute l'année et la variation minimale des marées, dépassant rarement 1,2 mètre, créent des conditions idéales pour les marins novices comme pour les capitaines chevronnés. Le pont Coronado s'incurve à 60 mètres au-dessus du chenal de navigation, sa portée de 3,4 kilomètres reliant le centre-ville à la péninsule où l'Hôtel del Coronado occupe le front de mer depuis 1888. Les croisières portuaires commentées partent du Broadway Pier au 970 North Harbor Drive, le quai même où le Star of India — un trois-mâts barque à coque en fer de 1863, le plus ancien voilier actif au monde — reste amarré dans le cadre du Musée Maritime de San Diego. Les commentaires à bord permettent d'identifier le porte-avions USS Midway, mis hors service en 1992 et désormais transformé en musée flottant avec 60 expositions réparties sur 1,6 hectare de pont d'envol. La station aéronavale de North Island occupe la pointe nord de la péninsule de Coronado, où les aviateurs s'entraînent depuis 1917 et où le rugissement distinctif des F/A-18 Super Hornets ponctue les départs de l'après-midi. Les charters à voile naviguent le long du Silver Strand, une flèche de sable de 11 kilomètres séparant la baie du Pacifique, tandis que les départs au coucher du soleil programment leur retour pour capter les lueurs crépusculaires sur les montagnes Laguna, 80 kilomètres à l'est. La baie abrite 500 espèces de poissons et d'invertébrés, y compris des requins léopards qui se regroupent dans les herbiers peu profonds chaque été et des otaries de Californie qui se reposent sur les bouées de navigation près de la jetée de Zuniga.